研究部门
本中心是由自然测量领域（地球环境测量研究部门、生态科学技术研究部门、生物多样性研究部门、生物体功能测量研究部门）、环境信息领域（自然环境信息研究部门、人类环境信息研究部门）、地域研究领域（人文·社会研究部门、环境·防灾研究部门）3个领域·8个部门构成。
地球环境测量研究部门
为了清楚地表明地球环境系统的构成和变化，我们将以陆地领域沉积物（风成·湖沼沉积物）等为对象进行物理的、化学的测定和解析。特别是根据极低水平的放射能量测量以及包含同位素对比测量在内的最新高感应度、高精确度的分析测量技术进行测量和解析。把成果有效利用于预知，预测的同时，还要以开拓地球环境科学、地球科学的新研究领域为目的。
生态科学技术研究部门
在确立大气环境保护野外观测系统的开发、观测结果的解析和评价方法的同时，为了自然界生态能源的测量及利用而进行要素技术的开发，为创造环境友好型的产业活动做出贡献。还着眼于确立利用自然环境史复原技术的未来环境预测方法。
生物多样性研究部门
使用从微观的遗传因子到宏观的生态学的各种方法，阐明存在于日本海以及北陆地区的“生物多样性”和“环境多样性”的相互关系、环境的自然及人为变化对生物多样性的影响。
生物体功能测量研究部门
对围绕人们的电磁场、有害化学物质、噪音等污染的测量技术进行开发，为环境保护、产业活动的安全管理、环境产业的创造及人类健康生活的维持做出贡献。
自然环境信息研究部门
推进欧亚大陆东部·环日本海域自然环境信息的整合和数据库的构筑、陆地领域大气水圈（包括冰雪圈）信息和遥感信息的汇总及分析。
人类环境信息研究部门
进行和欧亚大陆东部·环日本海域的地理环境、人类环境有关的各种信息的汇总及分析、建议及数据库的构筑。
人文·社会研究部门、环境·防灾研究部门
对于和欧亚大陆东部、中国、俄罗斯和西伯利亚地区有关的相应地域的历史、社会情况和环境问题等，一方面要从广阔的角度出发和当地的调查机构合作，另一面要进行综合的调查研究，而不是仅仅局限于原来的学术领域。
